Movable Type 3.17がリリースされましたが、XREAやAAAcafeに入れると、管理画面で本来 http://~ というリンクになるべき所が、included://~ になってトラブるケースがありました。
ありました、というか、私も体験したんですが。
で、ちゃんと導入できてる人もいたため、「なんでやねん」状態でしたが、解決したのでメモ。
結論から言うと、広告自動挿入が元凶です。
ですから、元々広告が挿入されない、x ディレクトリ下にインストールしてる場合や、mt.cgi（管理用のスクリプト）の拡張子を .xcg等にして広告非表示にしてる場合、有料で広告免除してる場合にはこの問題は関係ないです。
逆に、一般ディレクトリにインストールし、拡張子変更もせず、管理画面に広告が入ることを容認していてこのトラブルにあった場合、広告非表示にしてやることで解決します。
手順は簡単。
mt.cgi の拡張子を .xcgにすると広告自動挿入の対象外になるので、リネームしましょう。
まず、mt.cfg を開いて（手元になければ、鯖からFTPでDL）、# AdminScript mt.pl とある部分を探して（「mt.pl」で検索するのが吉）
# AdminScript mt.plのようにします。
↓
AdminScript mt.xcg
行頭の、「# 」（コメントアウト）を削除するのを忘れないでください。
ファイル名はなんでもいいですが、セキュリティ上、mt.xcg ではなく、もっと別な名称にするのが好ましいです。
mt-kanrinin.xcg とか、mt0611.xcg とか乱数つけても良いでしょう。
・Movable Type FAQ(仮)：小ネタ - PukiWiki
上記のように mt.cfgを編集したら（編集の前に一応バックアップしてくださいね）、FTPソフトでアップロード・上書き。で、鯖上のmt.cgi を、mt.cfgで設定した名前（上記の例なら、mt.xcg）にリネームしてください。
ブラウザから mt.xcg にアクセスしていつもの画面が出たら成功です。
（ローカルHDD上でリネームしてアップロードしてもいいが、その場合、mt.xcgのパーミッションを700に設定をすることと、動作確認の後、鯖上に残ってるmt.cgiを削除することを忘れずに）
リンクもちゃんとhttp://になってる筈。成功したらブックマークのアドレス変更も忘れずに。
失敗した場合は、
・mt.cfg の編集に失敗してる（#の削除し忘れや無駄な空白、保存時の文字コードの問題）
・リネームの失敗（ちゃんと mt.cfgに書いたファイル名と同じになってるか）
を確認のこと。
ちなみにMTの管理画面は基本的に「管理人がサイト運営のために使うツール（カウンタやアクセス解析スクリプトと一緒）」扱いなので、広告は非表示にしても規約上、問題無いです。
また新規インストールの場合は、/x/mt/ 下などにインストールするのが無難かと。
他にも広告非表示にする方法は幾つかありますが、わかる人は自分が楽なのを。とにかく広告非表示にすれば問題ないので。
ただ、Blogの公開スペース自体を、/mt/ ディレクトリの下に作ってる場合（/mt/blog/ 等）、下手なことすると公開ページ自体も広告非表示になって、規約違反になってしまうので手動で広告タグを挿入する等、気をつけてください。
AAAcafeは私は使ったことありませんが、XREA同様に広告の自動挿入機能がトラブルの元凶と推測されます。
それと、コト細かにサポートする気は全く無いので、わかる人だけやってください。何がなんだかわかんない人は、詳しい知り合いにでも直接教えてもらってくださいな。
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